Projetos voltados às questões ambientais também fazem parte da política de gestão da Marcopolo. A empresa possui as mais importantes certificações, como  ISO 14.001, OHSAS 18001/99 e SA 8000/01, entre outras. Preocupada com o meio ambiente, realiza várias ações, como o programa Reciclagem com Reuso. Desde a sua adoção, em outubro de 2001, a Marcopolo reciclou mais de 600 mil quilos de resíduos de papel com tinta, economizou R$ 58 mil em 22 meses e preservou cerca de 13,2 mil árvores. O projeto, distinguido com os prêmios ABS Ambiental, Expressão de Ecologia 2002 e Top de Ecologia ADVB 2002, permite reciclar todo o resíduo de papel com tinta gerado nos processos industriais da empresa.

O Sistema de Gerenciamento de Resíduos Sólidos é outro projeto da Marcopolo voltado para o meio ambiente. Utilizado desde 1999, permitiu reduzir em até quatro vezes o passivo ambiental, além de recuperar um terço dos materiais que anteriormente eram descartados. O processo tem início com a coleta seletiva dos resíduos na fonte geradora, passa pelo armazenamento provisório em centrais, e depois é encaminhado para a Unidade de Processamento de Resíduos.

A Marcopolo também trata os efluentes gerados no processo produtivo, os efluentes sanitários e os de cozinha. A eficiência do tratamento é garantida por laboratório próprio, cadastrado no órgão ambiental. Além disso, todas as unidades fabris possuem centrais de resíduos e coletam os detritos diretamente da fonte geradora. Também é realizado o monitoramento de emissões atmosféricas, completando assim o ciclo do Sistema de Gestão Ambiental.